В соответствии с Законом Республики Казахстан от 19 января 2011 года «О статусе «Назарбаев Университет», «Назарбаев Интеллектуальные школы» и «Назарбаев Фонд» органами управления Назарбаев Университета является:
- Высший попечительский совет
- Попечительский совет Университета
- Исполнительный орган Университета
Высшим органом управления Университета, Интеллектуальных школ и Фонда является Высший попечительский совет (далее – ВПС), который возглавляет Лидер нации Нурсултан Абишевич Назарбаев.
К компетенции Высшего попечительского совета относится утверждение стратегии развития, уставов Университета, Интеллектуальных школ и Фонда; порядка распоряжения имуществом; формирование попечительских советов Университета, Интеллектуальных школ и Фонда; реорганизация или ликвидация Университета, Интеллектуальных школ и Фонда.
Органом управления Университета, осуществляющим общее руководство деятельностью, является попечительский совет.
К компетенции попечительского совета относится: утверждение годовых и среднесрочных бюджетов; определение количественного состава исполнительного органа Университета, избрание их руководителей и членов, а также досрочное прекращение их полномочий; утверждение правил закупок товаров, работ, услуг; иные полномочия в соответствии с уставом Университета.
Руководство текущей деятельностью Университета осуществляется исполнительным органом - ректором и исполнительным советом.
Структура, компетенция, порядок формирования и сроки полномочий попечительского совета и исполнительного органа Университета, определяется уставом.